Xubuntuでスタートメニューのアイコン不具合を直そうとして陥った不具合と、解決策を見つけたので記録しました
複数のWindowsを起動した時
不具合は、スタートメニューのインターネットのアイコンが、Safariのアイコンだったのが、多分自分の操作でアイコンが赤丸に斜めの線になってしまったのを修正しようとして操作ミスをしたものです（この不具合は最後の方で修正方法を記しました）
今回の発生した不具合は、具体的には複数のアプリを起動しても、アクティブなウインドウしか表示しないというものです。プラス、アプリの枠線も無くなってしまっていました。
修正方法
ウインドウマネージャを起動します
下図は、修正する作業の設定画面を出す方法です。スタート ＞ 設定 ＞ ウインドウマネージャ（ウインドウの振る舞いと効果を微調整します）をクリックします
修正するウィンドウの場所です
下図のウインドウマネージャ（詳細）で、コンポジット処理のタブで、ウィンドウ枠と、非アクティブウインドウの透明度が、いずれも「透明」の設定になっていたのが原因でした。おそまつな作業に自分ながら呆れています・・・直せたので良しとしました
スタートメニューの修正は・・・
この修正以外、スタートメニューに「インターネット」の項目が出ていませんでしたが、上記一番目のスタートアップの画面で、右上にあるアイコンの、右から三番目のアイコンをクリックして、「設定マネージャ」を出し、項目のアイコンの左に有る「メニューエディタ」を選択して修正しました。表示とアイコンを設定して元の状態に出来ました